故事发生在虚构的、在废弃堆填区上兴建的未来城市-洲笼市。这个城市曾经发展急促，但现在人口正逐年减少。

在暑假前数天，一位神秘又无表情的女子-园崎法子告诉他的同学阿形胜平，他被选为一位“羈絆者Kiznaiver”，因为他感觉不到疼痛。他们一起体会到共享疼痛的羁绊。这种羁绊可让胜平分享他的痛以及联系与他生活、性格都不同的的同学。而他的同学，包括法子在内，都是不同的“羁绊者”。

这个羁绊系统的最终目标是透过伤痛连接众人回忆及经验，创造世界和平。当一位羁绊者受创伤时，系统会把他/她的痛苦转移到其他的羁绊者身上。胜平的同学们承担彼此的痛苦，而法子负责分配大家的任务。